有人認為眼藥水開封后，只要沒過保質期就可以用，或將其放進冰箱，認為這樣能“保鮮”，這都是不正確的。

眼藥水制備時需滿足無菌、等滲、適當的酸堿度等質量要求，開封后與外界空氣接觸，使用時還可能與眼瞼、眼睫毛接觸，這都可能污染眼藥水，大大縮短保質期。因此，眼藥水開封后建議在一個月內用完，超過這個時間就不建議再用。

除了一些有特殊保存溫度要求的眼藥水(如重組牛堿性成纖維細胞生長因子滴眼液)要放置冰箱冷藏室保存外，多數眼藥水只要密閉放在陰涼干燥處保存即可。有時將眼藥水放置冰箱保存不僅不能 “保鮮”，如果瓶蓋沒擰緊，其中的水分蒸發，還可能改變眼藥水的滲透壓，不利眼睛健康。需要在冰箱冷藏的眼藥水，放進去前應確保瓶蓋擰緊，最好用塑料袋扎緊后再放進去。

現在市面上已經有很多單劑量小包裝的眼藥水，可以避免出現上述問題。用眼藥水前應閱讀說明書，如果出現眼藥水顏色變化、渾濁、絮狀物等情況，不宜再用。